Это из-за опций фильтрации текстур и hi-res текстуры, можно их конечно отключить и играть в тру-пиксельную графику, но имхо, для 2d лучше подойдет встроенный родной видео плагин, в нем вполне можно выставить тот же 2xSai и таких вот полигонных косяков там не наблюдается.