Ну, в основном это просто изменение текстуры цвета. Даже нормалмэп не меняют. Бывают, что убирают какую-то геометрию. Например юбки у женских персов. Ну и редко - мнут геометрию персонажей. Например причёски подлиннее, юбки подлинее. Но в анимации выглядит убого. Ещё были эксперименты с переменой мест файлов персонажей. Так Кримзон Вайпер с анимацией Хонды - выглядело забавно.
А по той ссылке - это альтернативные костюмы, которые доступны для SSF4 на консолях. Просто движок один и тот же - вот и выдернули файлы.