Пока Соник и Тейлз наблюдали за крушением «Яйца Смерти» в их кругозор попал таинственный остров, парящий в воздухе. К несчастью, многочисленные обломки космического корабля упали на Остров Ангелов (Angel Island) и под их гнетом летающий остров медленно опустился на водную гладь. Во время исследования открытой территории Соник был атакован ехидной по имени Наклз. Звереныш ловко обокрал нашего героя, выудив из его карманов все семь Изумрудов Хаоса. Как выяснилось, Наклза – хранителя острова, подговорил Эггмен, сказав, что синий ежик и его хвостатый друг прибыли на остров, что бы похитить главный изумруд Хаоса (Master Emerald), благодаря энергии которого Остров Агелов находится в воздухе. Пока наша компания преследует коварную ехидну и заново собирает изумруды, Эггмен не теряет время зря: он бросил все силы на ремонт космической станции, и к моменту, когда Соник достиг его, был во всеоружии. Так состоялась очередная схватка нашего синего друга и злодея, результатом которой стало фиаско последнего.
Доктор Эггмен не долго унывал и на этот раз. В процессе ремонта «Яйца Смерти» он выяснил, что Главный Изумруд, что хранится на острове, один способен заменить все семь Изумрудов Хаоса. Осталось только нейтрализовать Наклза, который, как хранитель острова, был слишком опасен, что бы оставлять его у себя за спиной. Для этой цели доктор создал Эггробота (EggRobo) и отправил его на поиски ехидны. Робот нашел Наклза в грибном лесу (Mushroom Zone) и попытался его взорвать, но ехидне удалось спастись. Наклз отправился в погоню за Эггроботом и вскоре выяснил, кто стоит за покушением на его жизнь.
Тем временем Соник и Тейлз путешествовали по острову в поисках Эггмена, следы которого привели друзей в пещеру изумрудов. Там они встретили ехидну. Во время развернувшейся схватки между Соником и Наклзом коварный доктор выкрал из пещеры Главный Изумруд и забрал его в космос на «Яйцо Смерти». Наклз пытался помешать доктору, но был тяжело ранен. К счастью, в одном из закоулков пещеры был обнаружен портал, способный отправить ежика на космическую станцию злодея. После трудного путешествия по локациям корабля Соник обнаружил доктора в гигантском роботе, превосходящим его по размерам в сотни раз. Состоялось длительное сражения, наш герой уничтожил очередное творение Эггмена, а вместе с ним и всю его космическую станцию. Главный изумруд был доставлен Наклзу, и Остров Ангелов вновь воспарил к облакам.