Petenokor, это нужно досканально изучать каждый уровень, по нескольку раз, с разных версий.
Я так контру первую задрочил изучил.
А вот если по памяти, то:
Я помню что изумрудов в два раза больше, гиперформа, в целом то все.
В детстве играл в S&K, отдельно, долго.
Но например помню, что сюжетки у персонажей идут в разное время, сначала надо проходить за Соника, а потом за Наклза.
У Наклза, немезис другой, тоесть, один из роботов Эггмана, а не сам Эггман.
В пирамиде, у Наклза уже выключен свет, Соником. И тд.
В третью часть я тоже достаточно долго играл.
Жаль что в детстве не было того самого, правильного картриджа)
Помню как специально в дебаг-режиме смотрел ходы Наклза, там, где это было возможно.
В целом, за него прохождение показалось короче. В обоих версиях.
Ах да, в уровне Marble Garden Zone, в игре Sonic 3 & Knuckles немножко другой босс.
А вот финальный, или промежуточный, не помню.