да, сделать разные палитры у 1 и второго реально. В том файле, что сохраняется из сейва палитра 2 игрока идет следом. с третьей стоки вроде начинается. Короче, там 4 палитры, 1,2 и фона.
Программы для отображения у меня вроде бы нет, но с кодами цветов несложно разобраться. Так на каждый цвет по 3 канала, как RGB, только вроде наоборот BGR. шифруется 2 байтами. Первый 0, затем три составляющие. т.е. 0е 00 - это самый яркий синий, 00 04 темно-красный (коричневый) и.т.д. но т.к. цветов ограниченое количество то некоторые коды пропускаются. 0-2-4-6-8-A-C-E - нормальные, а промежуточные можно не выбирать, разницы не будет.
Хотя на сайте romhacking.net есть утилита для редактирования Соников ESEII, там есть встроеный редактор палитр.