Чтобы не повторяться, отмечу финалки на SNES, особенно FFVI, казалось бы, одна из самых попсовых jRPG, но её вклад в становление "кинематографической мелодрамотичности" всей серии можно считать инновацией. Впрочем, это можно пронаблюдать и в Phantasy Star на SMS, но тут речь идёт о 16-битных консолях...
ActRaiser на SNES - смесь платформера и симулятора бога.
Серия MOTHER (Mother 2/EarthBound на SNES) - пародийная jRPG в современном (!) антураже.
Dragon View/Super Drakkhen на SNES, довольно нестандартное сочетание Action-RPG с видом сбоку (а-ля сайд-скроллер/бит'ем-ап) и псевдо-трёхмерного режима с видом от первого лица при перемещениях между локациями.
Попробуйте Thunderbirds - Kokusai Kyuujotai Shutsudou seyo!, с первого взгляда - обычная леталка-стрелялка, но на самом деле за геймплеем скрывается борьба с техногенными катастрофами, вроде аварии на химическом заводе и т.п.
Кстати, не сказал бы, что Another World такой уж инновационный, он лишь является очень продвинутым развитием того, что было представлено за 2 года до его выхода в Prince of Persia. Хотя, за ту же кинематографичность да и саму реализацию а-ля интерактивный фильм, игру всё таки можно навать инновацией.
Почему-то не вспомнили Lost Vikings, много ли таких паззло-платформеров, если не считать Dizzy?
Собственно, говорить об инновациях в играх можно до бесконечности, большинство хитов не покорило бы мир, если бы ни какая-нибудь изюминка.
Вот, например, Pulseman на MD, по сути, гибрид соника и мегамена, но тем не менее, инновация: быстрей бежишь - больше энергии.
Ну и присоединяюсь к упоминавшим ECCO, Comics Zone и E.V.O. - Search for Eden