Сдвиг положения и размера экрана зависит от конкретной связки монитор/видеокарта у юзера, особенно с применением фильтров. Можно даже не пытаться найти единый для всех вариант, проще показать скрином, какое соотношение сторон должно быть, каков размер картинки по отношению к размеру всего экрана - в-общем показать, как ДОЛЖНА выглядеть картинка, и объяснить, что в настройках каждый сам сможет сделать это по F12 > Filters - под свое железо, а затем сохранить профиль, как дефолтный. Даже Null, выставленный по умолчанию, дает разные результаты на разных мониторах, не говоря уж о DX/OGL фильтрах.
P.S. К "рабочему столу" AmigaOS это не относится - с ним как раз всегда все нормально.