это не глюк/проблема, просто таким макаром работает новый многопоточный рендер, если скорости компа очень мало - будут такие мигания, если же компик тянет хотябы 70-80% (F11 - вкл показа %) скорости - будет норм.
также можно побаловаться настройкой пропуска кадров (F9/F10), с большим фреймскипом картинка будет сильно дерганной, но зато значительно быстрее и без миганий.
вообще, этот "новый" рендер появился давно, еще в ноябре прошлого года, в версии 144u1, на данный момент он используется в эмуляции железа Gaelco3D, 3D-шных аппаратов от Midway (MK4, Wargods итп), N64, и еще пары 3Д-аппаратов от Конами и Таито.