Annatar, в двух словах - совместимости нет и не было.
если в коде эмуляции какой-то игры были сделаны изменения/исправления как-то влияющие на скорость или логику ее работы - записи прохождений идут лесом.
если в коде игры были изменения структуры переменных описывающих состояние системы в данный момент времени - сейвстейты идут лесом.
не стоит рассматривать МАМЕ как нечто единое целое и смотреть на номера версий, а-ля
на версиях 0.181- 189
в целом, МАМЕ это пара тысяч вполне себе отдельных эмуляторов (без шуток, и я не преувеличиваю) собранных под одной крышей, и сделанных с использованием общих компонентов ("ядер" процессоров, звуковых чипов и еще кучи всего).
так что в большинстве случаев совместимость записей прохождений или сохранений зависит от того, были ли серьезные изменения в эмуляторе конкретной системы/игры (в МАМЕ они называются "драйверами"). плюс еще от того, были ли значительные изменения в "компонентах" используемых этим драйвером.