Конечно, можно. Только не понял, в чем сложность настройки? Выбираешь Game Pad -> Port 1 -> Pad 1 и настраиваешь кнопки на 1 джойстике. Затем Game Pad -> Port 2 -> Pad 1 и, аналогично, настраиваешь кнопки на 2 джойстике.
P.S. Лично играли с другом, проблем не было. Пробуй!