Mozer_1234, попробуйте использовать сторонний плагин геймпада, например LilyPad из PCSX2.
Добавлено позже:
Только если будете использовать LilyPad, учитывайте, что порты в PCSX2 реализованы внутри самого LilyPad. То есть закладки Pad 1 и Pad 2 в самом LilyPad - это и есть контроллеры в первом и втором портах. Поэтому для согласованной работы LilyPad с ePSXe нужно сунуть его (плагин) в оба порта и настроить Pad 1 как для контроллера в первом порту и Pad 2 как для контроллера во втором, без учёта того, через меню какого порта ePSXe вы входите в настройки LilyPad. Это всё равно будет одна и та же, не разделяемая по портам ePSXe настройка.