Ради интереса тоже пошел залезать в настройки контроллера при включенном и настроенном геймпаде - включил/выключил галку "Use alternative settings" - крашнулся. Зашел в эмуль заново - сделал туже самую операцию при запущенной игре - не крашнулся. И еще раз просто залез в конфиг управления - крашнулся. Такие дела.
И да, только при втыканном джое, у меня, по крайней мере, вылет. Без джоя по десять раз тыкался в настройки управления всяко-разно, ему пофиг - как только присоединил джой - краш сразу, без дальнейших моих манипуляций.