Во-первых - а стёр ли он ему память? Икс что-то особо не удивляется, когда видит голограмму Лайта в капсулах. Уж по крайней мере о своём создателе он знает. О том, что он не помнит о прошлых событиях, тоже вроде нигде не сказано.
Во-вторых, если он и стёр ему что-нибудь, то явно не боевые навыки. Он мог стереть воспоминания о войнах с Вайли, так как в седьмой части Мегамен чуть не нарушил основной закон робототехники о вреде людям и не убил Вайли. Лайт посчитал это опасным и имеющим не слишком приятные возможные последствия, о чём можно прочитать в интро к первой части Икс-серии. Что, мол, активировать робота нужно только в чрезвычайной ситуации...
Мне вот больше интересно, откуда Сигма взялся. В 4-й части Икс-серии есть ролик о предыдущих событиях с Сигмой, но как-то там всё не раскрывается...