CaH4e3, практическая транскрипция очень редко не лажает, так как её специфика накладывает определённые условия. Японская фонетика отличается от русской и в точности её передать не выйдет, но Поливанов в данном случаи лучше всего справляется с задачей максимального приближения в условиях русского языка. Использовать систему Поливанова нужно, так как это де-факто стандарт записи слов японского происхождения в русском языке. Система Поливанова используется во многочисленных справочниках по транскрибирования, пособиях по переводу и тд.
Действительно правда, что многим данная система не нравится. К сожалению японская массовая культура попала к нам не через саму Японию, а через запад, где доминирует английский язык. Именно из английской записи берут своё начало все эти "Ши", "Джи", "Тсу" и тд. Многие привыкнув к такому уже не могли отвыкнуть обратно. Но это всё лишнее, данный вопрос не может относится и решаться с условиями, что кому-то нравится больше так, а кому-то этак, что кто-то так услышал, а кто-то иначе. Долговечность таких споров уже давно стёрло это понимание в массовом сознание(да большинству просто пофиг, честно говоря), а истоки неверной записи(массовые переводы с английского, а не с японского; отсутствие базовых лингвистических знаний о том, что такое произношение, а что транскрипция) ещё долго буду порождать подобные привыкания и заблуждения, а значит и ненависть со спорами не утихнут.