ironduke, проблема, скорее всего, не в эмуляторах, а в дровах геймпада.
Если геймпад имеет функцию "цифровой-аналоговый сигнал" - поставьте цифровой, должно помочь.
В режиме аналога геймпад понимает только оси, а не "вверх-вниз", а оси понимают не все эмуляторы.
Также работа стиков и крестовины в режиме цифры и в режиме аналога обычно различна, она может быть независмой или менять функцию, т.е. нажал кнопку - и крестовина со стиками стали теперь уже совсем другими кнопками, или "поменялись" работой, а потому и не обрабатываются.
Иначе - попробуйте программы вроде joy2key и TotalGame Control - назначьте клавиши клавиатуры на кнопки геймпада, а в эмуляторе назначьте клавишам действий - клавиши клавиатуры.
И радуйтесь жизни.
А если и программки вышеозначенные не помогут - вините Лажетехов %)