Где-то в этой теме было это написано, но найти не могу. В-общем так:
Нужен эмулятор VBALink той же версии что и обычный VBA (т.е. 1.6а, 1.8.0...). Настройки сохранения (в Emulator > Save Type >) тоже должны совпадать. Копируешь файл сохранения (.sav) из одной игры и переименовываешь в .sa1, потом копируешь сейв от другой, называешь .sa2. Запускаешь VBALink дважды, в одном открываешь первую игру, в другом - другую. Всё, теперь в обоих играх нужно пойти в любой центр покемонов и там трейдиться.
Файлы .sav, на всякий случай, лучше скопировать в отдельную папку чтобы, если вдруг оригиналы удалятся, не пришлось начинать заново.