Axl89, MVS - аркадный автомат Neo-Geo, AES - консоль на его основе. Считай одно и то же, разница мизерна. Например в AoF3 сюжет полнее в домашней версии, а доступных изначально персонажей больше в аркаде. В KoF'99 в домашней версии Iori и Kyo открыты, в отличие от MVS.
Добавлено позже:
Также есть некоторые эксклюзивы на MVS/AES/CD - все обозначено в FAQ'е, на который я дал ссыль.