gepar, наверное выбор эмулятора ещё зависит и от того, какой клон мегадрайва у тебя был или есть (оригиналами владеют далеко не все), и по нему ориентируешься какой эмулятор тебе ближе в этом плане. Стараешься подобрать настройки наиболее близкие к параметрам твоего клона.
Например на моём магистре драйв 2, был высокий уровень PSG. В фьюжене идёт эмуляция генесиса, а там уровень PSG понижен, и поэтому я пользуюсь регеном, т. к. там можно отрегулировать уровни звука. Кегой же пользуюсь только для SegaCD и 32х.