Qt - это новый интерфейс, собственно, о котором и речь, современный, удобный. Будет активно совершенствоваться, и исправляться.
WXwidgets - старый интерфейс, с которым эмулятор существовал изначально. Возможно, что после полного переноса всех функций в Qt, его разработка будет прекращена.
AVX2 версии - для более-менее современных процессоров (для Intel это начиная с Haswell, 2013 год, для AMD с Excavator, 2015), за счёт оптимизации работают быстрее
SSE4 - совсем для старья.