Я отслеживал через Wise Installation System, один из мастеров в нем это просто отслеживание действий любого приложения во время работы, а второй копирование инсталлятора, т.е. вайз все действия, ключи и файлы заносит в свой скрипт. Не отслеживаются только системы защиты, типа секьюрома или армадилло и т.п. и их метки на жестком диске.