А какое там общее количество файлов и файлов в корневой директории? ![=)](//www.emu-land.net/forum/Smileys/default/smiley.gif)
А подпапками пользоваться не учили? У меня все четко расфасовано: фавориты в одной папке, просто хорошие - в другой, а основная масса - в третей. :3
И да, у FAT32 нет ограничений на корневую папку: она у нее находится в области данных, начинаясь с кластера №2. Или ты имел в виду FAT12/FAT16? Так там 112 вроде, и я сомневаюсь, что СНЕС игр ты оставляешь всего 112...