Rockman X, по-идее должно получиться. Только скорее всего придётся конвертить не в wav, а в чистом виде. Хотя смотря как там эти треки лежат.
Можно сделать несколько проще - открыть твой рип isobuster'ом, извлечь data трек (первый), а потом все остальные аудио треки "присобачить" примерно вот так
FILE "Destruction Derby (U) (Track 01) [SCUS-94302].bin" BINARY
TRACK 01 MODE2/2352
INDEX 01 00:00:00
FILE "Destruction Derby (U) (Track 02) [SCUS-94302].bin" BINARY
TRACK 02 AUDIO
INDEX 00 00:00:00
INDEX 01 00:02:00
FILE "Destruction Derby (U) (Track 03) [SCUS-94302].bin" BINARY
TRACK 03 AUDIO
INDEX 00 00:00:00
INDEX 01 00:02:00
FILE "Destruction Derby (U) (Track 04) [SCUS-94302].bin" BINARY
TRACK 04 AUDIO
INDEX 00 00:00:00
INDEX 01 00:02:00
FILE "Destruction Derby (U) (Track 05) [SCUS-94302].bin" BINARY
TRACK 05 AUDIO
INDEX 00 00:00:00
INDEX 01 00:02:00
Вместо этих названий подписываешь названия своих треков (если аудио будешь пихать всё же в wav, то тогда лучше вот так
FILE "Battle Fantasy (1994)(Micronet)(NTSC)(JP)(Track 02 of 45)[!].wav" WAVE
TRACK 02 AUDIO
PREGAP 00:02:00
INDEX 01 00:00:00
FILE "Battle Fantasy (1994)(Micronet)(NTSC)(JP)(Track 03 of 45)[!].wav" WAVE
TRACK 03 AUDIO
INDEX 00 00:00:00
INDEX 01 00:01:74
Просто создаёшь cue файл по этим двум типам (какой выберешь сам), и редактируешь его на все свои треки (естественно треки ты должен будешь переименовать и положить в одну папку с этим cue).
Потом проверяешь на эмуле - работает, замечательно