А обязательно на автомате? Наверное почти все аудиоредакторы миксовать могут.
Я как-то из эксперемента делал такую программу, но там 2 файла должны быть одинаковые по всем параметрам, т.к. просто байты первого файла складываются с байтами второго. Т.е. и файлы должны быть без заголовков (RAW DATA). Но я думаю проще аудиредактором воспользоваться, наверняка же и смещение определенное нужно.