Skwigy, посмотри, а нет ли у тебя в папке baseq2 папки pics, а в ней файлика colormap.pcx? Если есть - удали его, глюки по-идее должны исчезнуть - игра будет смотреть только на оригинальную палитру в архиве pak0.pak.
Добавлено позже:
Впрочем, сперва попробуй видеорежим выставить в OpenGL, если конечно дрова на видюшку не майкрософтовские...