Я так понял, что были взяты исходники для НЕС, затем написана программа которая заменяет команды процессора 6502 на эквивалентные команды процессора М68К. Но естественно из-за разной архитектуры полностью код преобразоваться не мог, 8 битные и 16 битные адресации и регистры наверняка влияли на флаги по-разному и эти места приходилось исправлять в ручную. Ну и должна была быть переписана вся система ввода вывода и графики и звука и джойстиков и все места кода где идет связь с железом приставки.