Если возникает проблема с "остановкой боя", единственный известный мне способ ее решить - почаще сохраняться на карту памяти (или что там у эмулятора вместо нее) и как только она случится сжать зубы и грузить последний сейв с карты (предварительно выключив эмулятор - кнопка с крестиком в правом верхнем углу и запустив его заново) стараясь не думать о том сколько всего было с того момента, а кнопки F1, F2, F3 и соответствующие пункты меню не использовать вообще.
А несчастную локацию Thunder plains можно просто пробежать на всех парах ежеминутно зажевывая предмет (не помню название), который сводит количество случайных битв к нулю. После использования ближайшей Save Point следущей зоны на Thunder plains всегда можно будет вернуться.