Можно написать небольшую прогу на дельфях, например, которая будет отсылать обоим окнам кнопки, которые нажимаешь в ней. Не знаю, получится или нет, не пробовал никогда. Вечером посмотрю, щас на работе.
Если кто хочет сам попробовать, надо использовать функцию Windows APISendMessage. Получаем дескрипторы окон эмуляторов (для упрощениея два экзешника можно назвать по-разному). На форме дельфи берём событие OnKeyDown, его параметр Key типа Word и дескрипторы засовываем в SendMessage, 2 вызова.