Не надо с бубном танцевать, все давно придумано.
1) Очистить систему от мусора, оставленного эмулятором:
а) Удалить ветку реестра HKCU/Software/PCSX2
б) Удалить скрытую папку C:\Users\%USERPROFILE%\AppData\Local\PCSX2
в) Удалить папку Мои документы\PCSX2
2) Переключить эмулятор в автономный режим:
а) Создать в папке эмулятора файл pcsx2_portable.ini
б) Проверить наличие в папке эмулятора подпапок plugins, bios, inis со всем необходимым содержимым.
в) Запустить эмулятор, импортировать настройки и указать явные пути на все папки.
г) Либо не запуская эмулятор вручную прописать все пути в pcsx2_portable.ini по образцу:
DocumentsFolderMode=Custom
CustomDocumentsFolder=F:\\Sony PS2
UseDefaultSettingsFolder=enabled
SettingsFolder=F:\\Sony PS2\\inis
Install_Dir=F:\\Sony PS2
PluginsFolder=F:\\Sony PS2\\plugins
ThemesFolder=F:\\Sony PS2\\themes
RunWizard=0
Пути, естественно, заменить на свои, при переносе папки в другое место также изменить пути.
Стараться не использовать длинные пути и кириллицу.