Может быть дело в том, что официально эмулятор не делал больших шагов с какого-то года, а Naruto Shippuden Ultimate Ninja Heroes 3 вышёл в 2010.
Вывод логика: игра имеет ограниченную совместимость с твоей версией эмулятора (которую ты не указал), стоит попробовать более новую (последнюю SVN сборку).
Воможно поменять bios и плагины.
Также дождаться ответов других, но только шарящих в этом деле форумчан)) Они разбираются в копании в настройках.
