Черт знает...
А откуда два LPT берешь? Может, с адресами чего-то. У меня щаз контроллер автоматом переключил адрес порта материнки на 3BCh в виндах, хотя в биосе указан другой. Естественно, все LPT-устройства отрубились.
Не загружены ли какие левые драйвера на этот порт? (Как пример, сильно глючит печать, если грузить дрова sneskeя не туда
).
Еще джойстик попробуй новый.