Стоит помнить что глючат все эмуляторы. Даже при запуске хорошо эмулирующихся игр никто не гарантирует отсутствие зависаний и разных графических глюков.
По-поводу того что делать. Первым делом стоит поискать игру в списке совместимости чтобы знать стоит ли вообще тратить на нее время. Возможно есть версия для другого региона которая работает более стабильно. Настройка эмулятора процесс долгий и неблагодарный чтобы зря не тратить время стоит посмотреть рекомендуемые настройка для конкретной игры (версия эмулятора, плагины и т.д.) Опять же стоит помнить что никто не гарантирует что играть будет комфортно - только что игра запустится, плюс информация имеет тенденцию к устареванию так что без экспериментов все равно не обойтись. Сперва скачиваем последнюю стабильную версию эмулятора потом подбираем экспериментальным путем графический плагин и его настройки (если есть плагин оптимизированный под конкретную игру используем именно его) при упорстве, мощном ПК и некотором везении можно получить результаты близкие к приставочным.
Я уже давно пользуюсь PCSX2 0.9.7. r3585 - очень стабильная версия плюс в комплекте идут несколько оптимизированных графических плагинов для особо трудных игр.