На своей толстой NDS, купленной с рук возникла такая же проблема. Поначалу помогал волшебный Nintendo Blow (то бишь обычное продувание), но вскоре шифты вообще отказали. Тогда я полазил но нету в поисках подобной проблемы и нашел расхваленное решение проблемы - смазать контакты спиртом. Снял шифты с консоли, чтобы можно было добраться до внутренней их части, взял шприц с иглой, зарядил медицинским спиртом и понемножку начал заливать под резиновые вкладки на кнопках, регулярно при этом нажимая на них. Таким образом шифты тут же заработали и до сих пор работают как положено.
Поначалу вместо спирта пробовал водку, но результата ноль. Кстати, во время смазывания очень желательно дуть на кнопку воздухом, чтобы просушить спирт.