Придется поработать руками. Снимаешь скриншоты (или качаешь готовый набор для МАМЕ/FBA), по одному на игру. Они ложаться в capture c именем игры и порядковым номером в PNG. Стираешь цифры, так, чтобы осталось только имя ромсета, конвертишь в BMP и кидаешь в sshots. Все.
./capture/aodk000.png > aodk.png > aodk.bmp > ./sshots/aodk.bmp
Для FBA то же самое, только оставить скрины в png, а папки указываются в настройках. Для FBAS можно все картинки каждой категории сложить в один zip-архив ради компактности.