Записывай с того канала звуковухи, к которому подключен кабель... А не с Моно микшера или Стерео микшера... Например с Line In (линейный вход). Выбирается где то в Пуск - Все программы - Стандартные - Расширенные (или что-то подобное) - Громкость (там выбрать "запись"")... Там в уровне громкости сам отрегулируешь нормальное звучание...
Насчет записывающей проги незнаю... Я всегда через Adobe Audition пишу... Проблем небыло никогда...
Твоя проблема мне напоминает, когда включено воспроизведение с line in или mic входа и записывается со стерео микс...