Избирательность у Фрапса весьма простая: он снимает только с "ускоренных" режимов - DD, DX или OGL. Проще говоря, если Фрапс показывает ФПС - он снимет. Не показывает - юзай либо эмуль с соотв. функцией, либо софтину, умеющую снимать в режиме GDI. Поскольку практически любой современный эмуль рендерит в DD или DX, проблем возникать не должно. Просто снимать надо из фуллскрина. SNES и MAME прекрасно снимаются Фрапсом, впрочем, как и Sega, NES, GBA и т.д. и т.п.