Уже примерно год, как в драйверах Nvidia есть одна фишка, которая иногда доставляет неприятности. Разрешение выставленное в винде/игре/эмуляторе апскалится до fullHD, и картинка на монитор всегда выводится в 1920х1080 (если он поддерживает такое разрешение, конечно). Выбери в меню монитора пункт "инфо" (или что-то подобное), посмотри какое на него выводится реальное разрешение, и выстави в эмуляторе соответствующее. У меня в винде разрешение 1366х768 (что б по крупнее, вижу хреново), но на монитор всё выходит в fullHD. Результат - при разрешении меньше чем fullHD картинка меньше чем экран, с чёрными полосами по краям.
Вообще, эмуляторы N64 это единственное что у меня лично конфликтует с этим механизмом. Конкретно Glide64 (или его ogl враппер) - он точно конфликтует, про другие плагины не уверен, не тестировал. Отключить это в принципе не сложно, если знать куда тыкать, но не очевидно. И видимо не очень нужно: раз так сделали, значит была причина.
Возможно что у некоторых картинка выходит за края по этой-же причине.