нет. какрас таки, так и должно быть. касаемо статсейвов, это нормально для всех эмуляторов.
Да нет, отнюдь, у разных эмулей всё по-разному. Gens и Desmume разных версий плохо дружат с сейвстейтами друг друга, SNES9x и ePSXe наоборот, у PCSX2 несколько раз менялись форматы сейвстейтов, о чем капсом и припиской WARNING сообщалось перед обновлением. Но вообще большинство эмулей, если они одной разрядности, спокойно загружают сейвстейты из предыдущих версий друг друга (наоборот уже не работает, да), исключений я вон выше вспомнил только два. Даже тот же WinUAE из старых версий всё прекрасно загружает. А если разрабы в обновлении решают что-то переделать в формате сейвстейтов, то всегда пишут об этом в логе изменений, это правило хорошего тона.
Update. Таки да, они похерили совместимость сейвов - новейшие версии PJ64 не грузят сейвстейты из относительно недавних development builds, в то время как та самая версия за прошлый сентябрь и сейвстейт из 2.2 какой-нибудь загрузит спокойно.