Смотри, дверь к боссу в оригинальном роме телепортирует в экран, расположенный в раскладке (геометрически) в отмеченной на первом скриншоте точке.
Соответственно, в твоём случае раскладка должна выглядеть как на втором скрине. Обрати внимание, что в экране с дверью надо проставить номер двери - тоже выделил на скрине номер и код C2, который должен получиться после указания правильного номера двери. И после этого переставить босса в редакторе врагов на тот экран, тогда будет работать. Прикрепил исправленный ром, но лучше проделай тоже самое сам, чтобы разобраться.
Также у тебя в роме во втором уровне почему-то сломан список объектов (все объекты сдвинуты на один байт, из-за чего они не появляются в игре). Если не получится выправить очисткой списка, то надо будет править в хекс-редакторе, как дойдешь до второго уровня - помогу.
Добавлено позже:
блин, ошибся на первом скрине, комната с боссом на один экран левее, но, думаю, суть понятна.