По какому принципу Nestopia применяет IPS-патчи на лету? Я положил патч в ту же папку, в которой лежит игра, имя у них одинаковое. Максимум - поочерёдный запуск патча и указывание игры вручную. Ей заголовка РОМа не хватает, или она просто не умеет по другому?
Добавлено позже:
Поставил галочку напротив Auto patch и вопрос решился.