Вполне вероятно, что инфицированы были системные файлы и их удаление и вызывало сбои
Если антивирус не может их удалить, значит они на данный момент используются системой (удалить открытый файл нельзя)
В таких случаях очень удобно инфицированный диск поставить на другую машину каким нибудь D, E, F..., чтобы система с него не запускалась, и прокатать антивирусом, запущенным с С