сделай картинку где будут кубики, скажем 2х2 пиксела и эти кубики идут друг за другом по номерам цветов из палитры. после посмотри как себя в игре поведет. какой по счету кубик будет прозрачным - значит тот цвет из палитры и прозрачный, а значит им надо будет заливать те области, что в итоге должны будут быть прозрачными.