Из последнего моего опыта пользования DjvuReader - очень он неудобный в сравнении с WinDjvu. Но декодирование, масштабирование и сглаживание делает заметно быстрее. Плюс умеет новые возможности формата вроде флажков, кажется и ещё какой-то мелкой хрени. Как щас обстоят дела с форматом - не знаю, давно не интересуюсь, даже не знаю его текущую версию.
По поводу глючных страниц точно знаю один момент, сам когда-то кодировал родным DJVU Express: пустые страницы он кодирует вообще без всяких слоёв. По идее это правильно, но WinDjvu на таких страницах и виснет. Приходилось в углу страницы добавлять чёрное пятнышко, чтобы кодер создал JB2 слой.
