А если, не дай бог, надо винду переставить, так и вовсе всё накроется медным тазом после форматирования системного диска (если что-нить забыл перекинуть на другой раздел или флешку). Никакой портативности в общем. Мне лично намного удобнее, когда приложение все настройки хранит у себя в папке (а не в документах или реестре).
То есть, при переустановке винды ты предпочитаешь делать копию всего Program Files, а не папку, специально предназначенную для сохранения настроек? И как быть с вредоносными программами, которые испортят тебе всю систему, если получат права администратора?
То, что в папки с программой ничего не сохраняется - это хорошо. А что плохо - что в виндовсе конфиги не в одном месте, а разбросаны по всему диску С:, да ещё и в реестре. Если делать резервные копии, то приходится в кучу мест залазить и искать, что где. В линуксе с этим проще - всё в домашней папке, хотя и там бывает бардак - что-то в .config, что-то в .local, что-то в отдельной папке, в особо запущенных случаях даже не скрытой.
И не забывайте, что виндовсами пользуются не только дома, но и на рабочих местах, где пользователям лучше права администратора не давать.
