Появилась новая информация по проблеме. Я стал тестить другие игры, оказалось что и другие образы игр дают такой эффект при тех же настройках, как на моих скриншотах. Раз в 10-15 секунд экран на доли секунды становился черным и тут же изображение возвращалось в норму - в Rogue Galaxy (раньше эмулировалась идеально), Final Fantasy X одинаково, периодичность не предсказуема, глюк проявлялся, какие-бы настройки я не менял. Стал рыться в интернетах, кое-как дал гуглу понять в чем моя проблема, попал на форум самого эмулятора PCSX2, в одном треде советовалось отключить Aero, если под вистой или windows 7, причем некоторые в тредах отписывались что это помогло полностью избавиться от проблемы. Я это попробовал - экран стал моргать не целиком и черным, а только верхняя часть и белым - раздражать стало сильнее. Роюсь дальше - тс там описывал такую же проблему, но с игрой Dragon Ball Z, при этом в своем же сообщении он, описав проблему указал, что использует видеоплагин GSdx v0.1.16 (как и я), и что она отсутствует в версиях GSdx v0.1.14.
Я перешел на gsdx v0.1.14 и блинки исчезли. В производительности я разницы не заметил, правда в Final Fantasy X в графике появились незначительные глитчи. Другие игры еще не тестил с этим плагином. Настройки плагина на скриншоте, (интерлейсинг либо меняю на ходу либо ставлю Auto) другие не менял. К сообщению прилагаю плагин, с которым сбоев нет.