Неа. Он его тупо распознать не может.
Есть подозрение что неправильное расширение файла указываете при сохранении. У вас кодек MPEG-1 L2, значит надо чтобы было расширение "mp2".
Ещё один простой метод отредактировать звук не трогая видео, помимо VirtualDUB - это Avidemux. Его можно как отдельно поставить, так и вместе с K-Lite Codec Pack (заодно все кодеки поставятся, которых не хватало).
1) Открываете ваш файл, потом меню Звук->Кодировщик, выбираете WAV PCM. Сохраняете аудио дорожку отдельно Звук->Сохранить.
2) Редактируете дорожку в любом редакторе, не изменяя её длительность (как писали выше). Сохраняете, например в mp3, ac3 (или можете в wav оставить для эстетов непожатого звука и огромных видеофайлов
)
3) В avidemux для вашего видео идёте в Звук->Главная дорожка, выбираете источник звука "... из файла", в зависимости от того в какой файл сохранили дорожку. Выбираете путь к файлу. Выбираете в пункте Меню->Кодировщик вариант "Copy"
4) Проверяете настройки (слева в основном окне), что стоит Видео - Копировать, Звук - Копировать. Выбираете выходной контейнер видео файла (тут же слева в основном окне): AVI, MP4, MPEG, FLV,....
5) Жмёте кнопку "Сохранить", далее стандартно