Скорее всего, потому что он недружелюбный. Вот и всем лениво искать к нему нормальный GUI или изучать его консольные команды, при наличии простых и удобных эмулей.
Я как-то скачал, так и не понял как образ запустить, какой коммандой, там даже readme небыло. Потом в нете нашёл целый список. Как подумал, как я буду настраивать джой через коммандную строку, так сразу стал искать Гуй. Мне уже хватило Xebra (эмуль для БДСМ-игроков), где гамапад настраивается самым извращенским способом (до сих пор не смог, это невозможно в принципе).
Скачал первый попавшийся Гуй к меднафену, отвратно сделан. Так ничего и не запустило. Удалал меднафен нафиг. За 15-30 мин не удалось ничего запустить, дальше с ним возится лениво было. В общем, они ниразу не дружелюбный. Может и хороший эмуль, тупо лениво в нем разбираться, когда есть другие норм.
Ну, как-то так большинство и думает, наверное. Вот и юзают его на Андроидах. Вроде бы в составе ретроарха есть, там хоть наполовину по-человечески.