ReeDeR, при редактировании ни в коем случае нельзя нарушать палитру, особенно если несколько слоев, и, ни в коем случае не переводить в режим RGB в фотошопе. Т.к. палитра одна, а картинок много, и каждый слой хочет указывать лишь на определенные цвета. Да, больная тема, знаю.
Не помню, правда, пересортировывает ли палитру фотошоп по нажатию Save.