Ну, ради пары игр можно поставить и костыль.
Для всего остального - пользоваться другими эмулями.
Лично у меня Gens32 Surreal только для хаков Мортал Комбата стоит.
Звук там паршивенький. Да и в целом, Fusion он не замена ниразу.
Это специфика пада, диагональные - как отдельные клавиши. У меня проблема с этим была, ещё в ранних версиях SNES9k, позже появилось в настройках назначение диагоналей.
Ну а Gens32 Surreal кривоват всегда был. У логитечей с ним проблем не будет, а в боксоподобных - вполне.