Во первых: надо чтобы название патча совпадало с названием рома. например если bahamut lagoon.snd, то bahamut lagoon.ips
Во вторых: в некоторых эмуляторах надо указывать путь к таким пачтам, а в некоторых достаточно поместить этот патч в одну папку с игрой.