В какой момент у вас это происходит? Например, если открывать png, то палитра остаётся какой была. Ogr дал совет, как поступать, если у вас есть готовая палитра и вы хотите из RGB изображения сделать индексированное.
У меня мало опыта, всё никак не доделаю свой маленький проект. Для рисования лучше использовать специальные редакторы вроде GraphicsGale. Не нужно забывать, что цветов 512 и компоненты у них кратны 32 (начиная с 0). У меня был код на Python с использованием PIL, чтобы разные спрайты подгонять под одну палитру, которую я вручную вводил в коде. Хотя для любителей терминала, ImageMagick тоже умеет
заменять на заданную палитру.
Происходит с самого начала. Я делаю скриншот с нужного мне ресурса (в моём случае — это эмулятор Neko Project) и у меня уже изначально палитра в таком порядке, где чёрный цвет не первый идёт. Это решается с помощью Save for web в Фотошопе, но я думал, есть более быстрые способы.
По поводу размера, я так понял, нет возможности универсальной на данный момент. Мне размер нужен для большого объёма PCM. Вижу два пути:
1) Я почитал ещё раз про маппер SSFII, тот же Stef говорит, что это маппер самой Сеги, а не особенность одной игры. И что, теоретически, мы все можем использовать его. Теоретически это до 32мб объём данных, где в РОМе можно по мере необходимости подгружать данные по адресам. Одно лишь остаётся проблемой: как эмуляторы детектят саму игру с маппером и будет ли выделяться ли под неё больший объём памяти, или она фиксированно будет видеть игру с 5мб. К примеру, когда только вышел Pier Solar, он позиционировался как первый 64мбитный картридж, на деле же там, насколько я помню, РОМ 2мб, который дублируется в данных несколько раз. Ни о каких 8мб и не пахло.
2) Второй способ упомянутый режим Sega CD, который так же был показан в примере Stef’ом. Благо сейчас, наверное, большинство эмуляторов поддерживает эту функцию. В примере он сказал, что таким образом можно получить доступ не только к музыке, но и файловой системе. Возможно ли как-то будет читать и проигрывать PCM данные с диска с помощью SGDK?

И ещё вопрос: может, кто-то уже сталкивался. Каким образом можно проще всего организовать вывод собственного VWF (разноширинной шрифт) 8x16, 16x16? Сейчас при помощи функции можно выводить моноширинной шрифт 8x8, и самое неудобное — выводится всего два цвета. Может, у кого-то уже есть написанная функция?.. Или есть другой способ вывода?

Спасибо всем за ответы.
А так, мне очень понравился SGDK, я честно лет 10 хотел научиться под Сегу делать хоть что-то, но думал, что это в сто раз сложнее. Оказалось всё очень понятно и доступно даже для новичков.